早乙女研究所研发了宇宙开发用机器人—盖塔机器人。同时,过去在太古时期称霸地面的爬虫人类为了夺回地上的世界开始了侵略行动。然而盖塔机器人的动力来源,不明的宇宙放射线—盖塔线正是过去将爬虫人类从地面驱赶至地底的元凶。为了阻止盖塔线的开发,恐龙帝国的帝王哥鲁向早乙女研究所发起攻击。在首战中早乙女研究所就失去了盖塔机器人的原型机及驾驶员,早乙女研究所陷入空前危机。幸有三名来自浅间学园的高中生流龙马、神隼人、巴武藏的协助。盖塔机器人临时被改装成战斗用机器人果敢地迎向恐龙帝国的魔掌。
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三一万能侠始终最黑的就是武藏与三号机,实力最低的是他,人也长得不帅气,每次都要哀求龙马或者準人给他变成三号机,万一遭到拒绝也是真的没办法呀,最最最黑的是,几乎每次自爆、或者学神风队壮烈牺牲的就是他,三一万能侠最后一集完全不够恐龙帝国打,武藏驾驶着引擎坏了的战斗机,直直撞过去敌人基地,而敌人首领还以为是放鞭炮,最后恐龙帝国给自己给灭了,相当黑色幽默。武藏啊,加油。