电影《消失在远空中》讲述了一个发生在北海道马醉村的夏日故事。该村即将被改建为机场,少年楠木亮介跟随父亲雄一郎从都市转学到此。亮介的清秀外貌在质朴的乡村显得格格不入,却意外赢得了女孩子们的喜爱,同时也引发了男孩们的嫉妒。调皮的土田公平因心爱的女孩与亮介发生冲突,两人却因此成为好友。在一次意外中,他们结识了神秘的柏手绯春,一个等待UFO出现的少女。这个夏天,亮介与新朋友们一起经历了许多有趣的冒险,包括寻找传说中的UFO。然而,随着机场建设计划的推进,当地村民的抵制情绪逐渐高涨,大人们的争执也波及到了孩子们的生活中,给他们的友谊带来了考验。