《水中花》是一部以犯罪案件为主线的电视剧,剧情围绕多个案件展开。剧中,童年遭受暴力侵犯的王凌燕(由贾青饰演)因心理创伤而对男性产生强烈报复欲望,认定刘子强是12年前强奸自己的凶手,精心策划并杀害了刘子强,最终被判处死刑,缓期两年执行。与此同时,银行职员杨苏媚(由白凡饰演)因与“花泡”马光明一见钟情,携带500万公款准备外逃,在警方追捕中误杀马光明,被判死刑。此外,犯罪组织“双龙会”接连制造汽车爆炸案,警方通过施玉娇(由李梦男饰演)的线索破获案件,而施玉娇因毒瘾铤而走险,最终被判死刑。剧中还涉及大毒枭杨建新被警方抓获后,秦小莲为继续冰毒境外销售与“刘哥”展开合作的情节。