《地下航线》讲述了解放战争时期闽江上一段惊心动魄的革命故事。1947年,闽江轮船公司“福州号”的司机林森官是一名地下党员,他受党组织派遣,以帮助船长运私货为掩护,与党员江财弟等船工一起秘密开展地下活动,将武器和电台运往游击区,开辟了一条地下航线。为了切断游击队的物资供应,国民党特派交通特派员王勋到闽江流域进行督察,并指派特务李伯光潜伏在“福州号”上监视船工。一次行动中,林森官和江财弟成功将一批缴获的武器运上“福州号”,但被李伯光发现。危急时刻,林森官机智地让江财弟将李伯光引上另一条船,随后在船上与敌人展开生死搏斗。林森官将李伯光打落水中,但这一事件被老舵工阿旺目睹。国民党特务随后扣押阿旺并试图通过宗教胁迫其说出真相,但阿旺经过激烈的思想斗争,最终坚定地拒绝透露实情。为了彻底切断游击区的物资供应,国民党特务头子王勋亲自率兵尾随“福州号”。在罗汉滩,游击队化装成保安队登船,将武器运上岸。当敌人发现异常并开枪射击时,阿旺为掩护同志,驾船撞向敌船,与敌人同归于尽。最终,武器成功运抵游击区,林森官等人继续坚守在地下航线上,为革命事业英勇斗争。