《剿杀令》讲述了解放前夕,国民党不甘心失败,在黔东地区留下部分部队和军火,并与当地土匪勾结,试图利用他们为反攻准备力量。当地的土匪势力借机猖獗,百姓生活困苦。天台寨的匪首熊山虎强逼布依族少女陆翠珍成为压寨夫人,陆翠珍为逃避命运,匆忙与首富莫家少爷莫志明结亲。然而,这一举动激怒了熊山虎,他决定血洗莫家庄。与此同时,莫家的六姑因家族财产分配不公而心怀不满,对莫志明和机敏能干的陆翠珍怀有深深的恨意。在熊山虎的唆使下,六姑设计陷害莫志明夫妇,导致莫志明中毒身亡,而陆翠珍侥幸逃脱。熊山虎趁机图谋侵占莫家庄,却因计划失误被陆翠珍设局歼灭。随后,陆翠珍凭借智勇巧取天台寨,成为布依山区的首领,并与得力干将覃天建立了深厚的感情。然而,由于传统门规的束缚,覃天最终选择离开家乡。 黔东解放后,解放军展开剿匪行动,但国民党特务暗中破坏,暗杀了布依山区的长老陆文泽,并散播谣言称共产党已下达“剿杀令”,意图剿灭所有“土匪”。陆翠珍对解放军产生严重误会,率众退入山区深处,与外界疏离。负责执行剿匪任务的覃天此时已是解放军的一名排长,他深知唤醒陆翠珍对解放军的正确认识并化解两人之间的误会至关重要。于是,他决定只身潜入山林,试图通过昔日的情谊和真诚劝说,让陆翠珍认清真相,共同为和平与正义而努力。