明朝末年,宦官专权,朝纲混乱。忠臣左光斗因弹劾奸佞魏忠贤而惨遭杀害,满门遇害。其女左清菡携父留下的重要证据“忠蠹名册”逃亡,在被锦衣卫百户方涂山救下后,两人共同躲避东厂追杀。在一次遭遇中,他们得到明教五行旗总掌旗使大邱的帮助,随后被带入与世隔绝的桃源村暂居。该村村民均为明教教徒,虽已解散却仍秉持除恶扬善的理念。面对突如其来的陌生人,村民们因担心外人带来祸患而心生芥蒂,试图排挤左清菡和方涂山,逼迫她们离开。与此同时,东厂内部权力斗争激烈,左右千户仇士海与狄耕为争夺督主之位暗中较劲,一场更大的阴谋似乎正在酝酿之中。