《16岁症候群》是一部围绕少年东息吹(竹内爱纱饰)与他的青梅竹马织田泽芽衣(武田玲奈饰)展开的校园剧。比男生更显男子气概的息吹被大家误认为帅哥,而他与芽衣自小便形影不离。然而,芽衣因小学时发生的诱拐事件导致男性恐怖症,这让息吹决心守护她的心理健康。与此同时,轻浮男浅田睦巳(板垣瑞生饰)出现在两人生活中,最初以玩游戏的心态追求芽衣,但随着接触加深,他对芽衣的感情逐渐变得认真。这令息吹对自身与芽衣的关系产生了动摇,他开始反思自己对芽衣的情感是出于保护的责任感,还是纯真的爱意。此外,樱井直(优太朗饰)的出现,则让四人之间的关系变得更加复杂。浅田的真情流露不仅让息吹了解到女性的恋爱心理,也让所有人之间的感情线发生了微妙的变化。