圣诞之夜,卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外,群众聚集抗议。突然,警察机动部队对示威者展开无差别屠杀,场面血腥恐怖。事件背后,神秘的“火种”病毒若隐若现。草薙素子(坂本真绫 配音)与独立机动部队的同伴们在与不明敌人的对决中,救下了全身义体的少女津田艾玛(茅野爱衣 配音)。艾玛体内似乎隐藏着利用虚拟记忆进行恐怖活动的秘密。公安9课课长荒卷大辅(塾一久 配音)拒绝将艾玛交给陆军情报部穗积上校(庆长佑香 配音),命令草薙将艾玛护送至501机关接受调查。在与艾玛的接触中,草薙不仅发现她体内存在两个灵魂,更触及到了被官方和军方刻意掩盖的悲惨真相。本片改编自士郎正宗的原作,是《攻壳机动队》前传“ARISE”的第四部。