第三季故事开始于第二独立团抵达查尔斯顿七个月后,此时查尔斯顿已成为「新美利坚合众国」的首都,Tom Mason被推选为政治领袖(相当于总统)。尽管Tom在办公室处理政务,但他更多时间是率领军队顽强抵抗外星入侵者的进攻。与前任Manchester博士相比,Tom对「鱼头」种族Espheni采取了更具侵略性和主动性的态度。查尔斯顿政府与起义的「突击者」形成了不太牢靠的联盟关系,Tom让「突击者」留在查尔斯顿与人类并肩作战,但这引发了部分人类的不满,两个种族的关系持续紧张。「突击者」起义军在战斗前总是将脸上涂满红黄相间的条纹,以纪念第二季结尾英勇牺牲的领袖「红眼」。Tom的儿子Ben现在是查尔斯顿政府与「突击者」起义军之间的联络人。无论是人类还是「突击者」都清楚,即便联手也难以打败强大的外星敌人——此前被第二独立团戏称为「鱼头」的Espheni种族。尽管他们的君王已死,但另一个更强大、更邪恶的君王刚刚继承了统治权。更糟糕的是,在双方激战正酣时,一个全新的外星种族抵达地球并迅速加入战场。