故事背景设定在“正化年间”(始于1989年),日本政府为改善社会风气,颁布《媒体良化法》,成立特殊部门对所有可能影响社会道德的书籍进行查封与销毁。此举导致言论自由受到严重限制,社会陷入混乱。为了捍卫思想自由,“图书馆自卫组织图书队”应运而生,他们与政府的“媒体良化队”展开对抗,不惜以生命为代价保护书籍。主人公笠原郁(荣仓奈奈饰)曾是高中时代的“王子大人”,在目睹图书队为自由而战的牺牲后,决定加入组织。在训练中,她遇到了负责指导她的二等图书堂上笃(冈田准一饰),两人因理念不合产生摩擦,但逐渐建立起信任。与此同时,笠原与同期手冢光(福士苍汰饰)的友情也不断加深。随着关乎言论自由的重大事件爆发,图书队与媒体良化队之间的宿命对决正式展开。本片改编自有川浩的“图书馆系列”第一部。