金鱼姬是一条活泼好动的小鱼,一次偶然的机会,它在涨潮时被冲进了玻璃瓶中无法脱身。此时,刚好来海边度假的男孩宗介路过,帮它解困,从此人鱼相识。宗介将金鱼抱回家中喂养,两人一起玩耍,感情甚笃。宗介性格孤僻自闭,因海员父亲终日出航,只得与母亲相依为命,甚至对长辈不理不睬。然而,遇到金鱼姬后,宗介逐渐改变了对生活的冷漠态度,并慢慢修复了性格中的缺陷。一次意外的海啸中,宗介撞伤了身体,金鱼姬沾染到了人类的血,最终飘回了大海之中。原来海洋中还有另一个世界,那里有个古怪的男子藤本,他操控水文环境,因发现人类污染环境的丑陋而自造了另一个水中世界。藤本发现金鱼姬沾染了人气,正准备用魔法将它打回原形,却事与愿违……