加美拉归来:卡美拉与卡欧斯的决战结束后,北海道迎来了寒冷的冬天。一天,北海道上空降下流星雨,其中一颗陨石坠落在支笏湖南西方约一公里处。陆上自卫队第11师团迅速派出化学防护小队,由渡良瀬佑介二佐和花谷陆尉带队深入调查,确认了陨石坠落的事实。五天后,札幌市地下铁的电车在隧道内遭到不明生物袭击,与此同时,薄野地区出现了一株巨大的植物。这种植物与一群体型约3米、类似昆虫的甲壳类生物共生。这些被称为“怪虫”(Legion)的生物与植物是从流星中飞来的地球外物体。Legion通过啃食硅酮并分泌氧气来制造植物(草体),在高浓度氧的环境下,地球生物无法生存。自卫队决定用爆破的方式处理草体。与此同时,海上自卫队监测到卡美拉正向札幌方向飞来,一场新的大战即将展开。