《核子航母遇险记》讲述了一艘美国尼米兹级核子航母在例行维修期间,突遇神秘风暴,与美国太平洋舰队失去联系。当机组人员发现日本“0”式侦察机以及珍珠港停满二战前的战舰时,他们意识到航母已穿越时光隧道,回到了二战前夕的珍珠港。此时,他们发现日本航空母舰正准备发动对珍珠港的偷袭,从而引发太平洋战争。面对这一历史性抉择,舰上官兵有两种选择:利用航母先进的战斗机和导弹对日本舰队发动先发制人的攻击,以改变历史;或者远离珍珠港,让历史按既定轨道发展。然而,当他们救起一名参议员后,该参议员却在袭击开始前神秘消失。随着日本袭击迫在眉睫,舰上官兵必须在拯救历史与遵循时间规律之间做出艰难抉择。