1868年,航运界流传着南海存在神秘海怪破坏船只的传言,各国政府为此派遣军舰前往该海域维护航道安全并调查真相。然而,调查舰意外遭遇不明生物撞击而沉没,仅有阿洛亚斯教授、助手康索和鱼叉手尼德蓝被鹦鹉螺号核子潜艇救起。这艘潜艇由尼莫舰长指挥,以海底貂殖技术为动力来源,专门攻击运载军火的船只。尼莫舰长对阿洛亚斯教授的学术成就表示敬意,并将其视为上宾。鹦鹉螺号原本计划返回瓦康尼亚基地,但在航行途中深入探索了神秘的海底世界。教授惊叹于潜艇的先进科技,而尼德蓝则一心想要逃离潜艇。在一次登陆荒岛补给时,尼德蓝与康索被食人族驱逐,两人随后发现了瓦康尼亚基地的具体位置,并利用瓶子传递求救信号。当鹦鹉螺号抵达瓦康尼亚岛时,发现已被军舰包围。尼莫舰长为保护基地,故意引发核子爆炸,导致基地毁坏,自己也身受重伤。在生命的最后时刻,他驾驶鹦鹉螺号驶向海底坟场,与基地一同沉入深渊。