环境学者西山玄学在面对企业与警方的压力时,坚持进行公害调查,并致力于研究家族传承的《诸世紀》。在女儿まり子与恋人中川相聚时,西山警告他们不要生育,因时代动荡不安。随后,合成防腐剂AF2引发的环境灾难频发,日本各地出现畸形婴儿,而某个渔村因赤潮灭绝。西山的研究所派遣了两名部下去调查放射能事件,但调查队失踪,西山与中川领导的第二次调查队发现了被放射能影响的生物与变异原住民。在调查中,西山不得不射杀自己的部下以自卫。与此同时,超紫外线导致日本列岛发生山火与灾难,全球气候异常引发饥荒与暴动。西山的妻子伸枝因病去世,而まり子怀孕。西山在国会警告人类灭绝的危机,内閣総理大臣面临艰难抉择,最终宣布禁止工业生产,以阻止环境崩溃。