《EVA 新世纪福音战士剧场版:THE END OF EVANGELION》主要讲述了NERV与SEELE之间的激烈对抗。 SEELE为了实现其控制世界的目的,试图夺取NERV的资料,而NERV则在碇源堂的领导下,准备执行人类补完计划。碇真嗣在了解到父亲碇源堂的真实意图后,与惣流·明日香·兰格雷和绫波丽联手对抗SEELE。NERV在新任司令官葛城美里的带领下,成功反击了SEELE的入侵,并最终在NERV总部展开了激烈的决战。碇源堂在最后关头展现了其强大的能力,但为了彻底阻止SEELE的计划,他不惜牺牲自己,启动了人类补完计划,将碇真嗣和所有NERV成员带入了未知的境界。