二战后,日本被分为南北两部分,分别由尤尼恩和美军统治。尤尼恩统治下的北海道矗立着一座神秘的“巨塔”,暗中进行某种计划,而美军占领的本州则对这座塔的真实目的一无所知。青森县少年藤泽浩纪、白川拓也和同样热爱飞行的女孩泽渡佐由理,一直渴望探索这座“巨塔”。他们利用战后遗迹中的废品组装了一架小型飞机,试图飞向神秘的“巨塔”。然而,佐由理因家庭变故转学到东京,三人逐渐疏远,浩纪和拓也也因求学而分道扬镳。多年后,浩纪在东京过着迷茫的生活,却频繁梦见佐由理。他得知佐由理在十五岁时因不明原因的记忆障碍症陷入昏迷,便决心拯救她。在东京,浩纪遇到了同样对“巨塔”感兴趣的科学家富泽常夫和石冢运升,并在他们的帮助下,最终找到了“巨塔”,揭开了其控制时间的真相,成功帮助佐由理恢复记忆,实现了他们最初的约定。