西元2191年,地球人类首次与地球外智慧生命体“卡米拉斯”接触,随后爆发战争。卡米拉斯凭借压倒性的军事力量,摧毁了地球防卫舰队,并通过冥王星基地发射的游星炸弹对地球实施了持续轰炸。地球被迫沦为地下都市,环境极度恶化,能源短缺、饥饿和暴动将人类逼入绝境。2198年,地球从异星人行星“伊斯坎达尔”获得了“次元波动引擎”技术,启动了建造恒星间航行用宇宙战舰“大和”号的计划。2199年1月,科学家预测人类只剩一年生存时间。联合国宇宙军第一舰队司令冲田十三在冥王星宙域展开“メ号作战”,期间回收了暗号代码为“天照”的宇宙船残骸。古代進与岛大介在火星等待“天照”号,成功回收其座舱,并由撤退的宇宙战舰“雾岛号”带回地球。波动核心被安装到“大和”号,成为主要能源。古代等人因遴选乘员身份被召集,原本以为是参与宇宙移民计划“出云计划”,却发现另有隐情。