电影《南粤刑侦档案》讲述了清江市刑侦支队干警破获一系列重大刑事案件的故事。案件始于一名体内藏毒的女子在街上被小混混追赶,因毒品包装破裂而当街暴毙。清江市刑侦支队队长王海涛和副支队长郭星随即展开调查,发现这起命案与制毒贩毒团伙有关。与此同时,该市文化局长因土地招标问题得罪一家贸易公司,导致其被绑架。警方决定两案并查,在绑架案调查中意外发现文化局长被绑架的地点竟是制毒基地,最终确认两案为同一伙人所为。经过一系列侦查和一场激烈的枪战,刑侦支队联合特警成功抓获犯罪分子,逮捕了幕后黑手——某银行行长。双案告破,清江市恢复平静,正义得以伸张。