《女校通缉令》讲述了警局里的倒霉兄弟“鼠标”和“键盘”,因总是与破案机会失之交臂,且常被投诉,彼此看不顺眼,一心想要换掉这个倒霉的搭档。在处长的承诺下,只要他们成功破获一次案子,就考虑换搭档的请求。于是,两人自告奋勇,来到一所贵族女校担任卧底,试图追查一起关于“面膜上瘾”的案件。在接头人Boos杨的帮助下,尽管两人不断遭遇乌龙事件,但凭借女性装扮也获得了不少便利,逐渐摸清了案件的线索。与此同时,他们惊讶地发现,在这所学校内还隐藏着一起走私军火案。在卧底查案的过程中,两人摒弃成见,开始认真追寻线索,逐渐揭开了案件的真相。