数年前,人类以超级战舰“轰天号”在南极击溃并封印了哥斯拉。为应对其他怪兽的威胁,人类成立了“地球防卫部”,并拥有了“轰天号”及其舰长道格拉斯·戈登上校作为核心力量。此外,防卫部还招募了一批拥有特殊“M染色体”的“超人类”,其中尾崎真一少尉是最出色的成员之一。 在一次考古活动中,人们发现了一个巨大的机械生物遗骸,怀疑其来自外太空。尾崎真一接到“小美人”的警告,得知这只怪兽是被魔斯拉封印的盖刚。盖刚的出现预示着人类即将面临前所未有的危机。不久后,世界各地同时遭到多种怪兽攻击,防卫部措手不及。随后,一群自称“X星人”的外星人现身,声称将保护人类免受神秘星球撞击的威胁,并提议建立同盟关系。然而,尾崎和道格拉斯调查后发现,X星人的真实目的是将地球作为粮食来源,并操控怪兽侵略地球。在防卫军几乎全军覆没的情况下,道格拉斯决定解开封印,释放南极的哥斯拉,让这个地球最强大的怪物与X星人及其怪兽军队展开最终决战。