故事从创骑夺走艾克赛德的力量后展开。曾与葛城巧合作的科学家最上魁星为了完成研究,启动了名为恩尼格玛的机器,试图将创骑与艾克赛德所在的两个平行世界合并。两个世界的冲突相撞仅剩24小时。然而,玩家驱动器因世界合并而无法使用,面对前所未有的危机,传说骑士们纷纷采取行动。桐生战兔成功追踪到最上的行踪,并找到了创骑世界中的恩尼格玛。与此同时,宝生永梦在火野映司、如月弦太郎和天空寺尊的帮助下,抵达了艾克赛德世界中的恩尼格玛。为了阻止世界的毁灭,众人需要恢复艾克赛德的力量,为此,战兔决定主动开启恩尼格玛,连接两个世界。尽管最上与魁星成功合体,但最终仍不敌战兔与永梦为他设计的“秘技”。在两人与众位传说骑士的努力下,成功挫败了最上魁星的计划,世界合并的危机得以解决。然而,假面骑士创骑的故事仍未画上句号。