超能力開發研究所遭到不明生命體的猛烈攻擊,研究所被完全破壞。混亂中,被實驗的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)成功逃脫。數月後,不明生命體再次現身,這次目標鎖定紗綾香。翔一得知消息後,立即變身為假面騎士颚門,與G3-X一同趕赴救援。就在關鍵時刻,G4突然出現,其強大的力量令人驚訝。原來,在兩個月前,G4的藍圖被人盜取,穿戴它的人往往因力量過於強大而致命。翔一與夥伴們追查G4的來歷,發現背後涉及一場巨大的陰謀。不明生命體的攻擊源頭始終不明,假面騎士颚門、G3-X、G4以及不明生命體之間的對峙愈演愈烈,一场驚心動魄的戰鬥即將展開。