经过与一十一(神木隆之介饰)的激烈战斗,濑文焚流(加濑亮饰)身受重伤,命悬一线。在此期间,青池里子(栗山千明饰)带着女儿小润(森山树饰)悄然离开医院。与此同时,各国政要举行的一次关于“简单计划”的秘密会议上,自称卑弥呼的日本代表抹杀了一切在场人员,正式以SPEC持有者的身份向普通人类宣战。在如此严峻的局势下,濑文焚流急切出院,与当麻纱绫(户田惠梨香饰)联手调查青池母女的下落。另一方面,野野村组长(龙雷太饰)则独自行动,致力于寻找“简单计划”病毒疫苗的下落。随着新的SPEC持有者相继登场,残酷的杀戮持续不断。关于前人类的秘密逐渐浮出水面,一场惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕。本片为《SPEC》系列完结篇的前篇,标志着这场关乎人类命运的战争即将进入高潮。