警视厅搜查一课长第二季主要讲述了警视厅搜查一课的刑事矢真琴(内藤剛志饰)在第一季后的故事。矢真琴在上一季因病去世后,在本季中被雷电击中而死,却意外重生为25岁的年轻人。他带着过去的经验和记忆回到警视厅,继续以新人的姿态协助搜查一课的同事们解决各种复杂的案件。然而,他的重生身份逐渐引起了同事们的怀疑,尤其是新加入的刑事朝日奈澪(斉藤由貴饰)。矢真琴必须在不暴露自己真实身份的情况下,利用自己的过去经验帮助团队破案,同时应对来自同事和警方高层的各种挑战。剧集通过紧凑的情节发展和悬疑氛围的营造,展现了主人公如何在全新的环境下运用智慧与能力,继续履行他的警察职责。